Kristus yhdistää ry:n juuret juontavat kansainväliseen rukousliikkeeseen, joka sai alkunsa Sveitsistä vuonna 2004. Tuolloin Sveitsissä alettiin rakentaa rukousverkostoa, jonka päämääränä on muodostaa rukousryhmiä jokaisen valtion jokaiseen kuntaan – että jokaisessa maailman kunnassa olisi vähintään yksi uskollinen esirukoilija.
Sveitsin innoittamana myös Suomessa alettiin rakentaa kaikki kunnat kattavaa rukousverkostoa. Sen hedelmänä Turussa järjestettiin syksyllä 2008 Suomen ensimmäinen Kristus-päivä, joka kokosi Turku-halliin rukoilijoita kaikkialta maastamme.
Turun Kristus-päivän innoittamana Itä-Suomessa järjestettiin ensimmäinen Savo-Karjala rukoilee -tapahtuma seurakuntien ja kristillisten järjestöjen yhteistyönä syksyllä 2009. Se sai jatkoa heti seuraavana vuonna Punkaharjun Retretissä nimellä Itä-Suomi rukoilee. Sen jälkeen päätettiin, että jatkuvuuden turvaamiseksi olisi perustettava yhdistys, joka suunnittelee vuosittaisen rukoustapahtuman ja vastaa sen taloudesta. Näin alkoi Kristus yhdistää ry:n toiminta. Yhdistys perustettiin 30.11.2010.
Noiden ensimmäisten tapahtumien jälkeen rukoustapahtumamme on järjestetty Savonlinnassa 2011, Parikkalassa 2012, Varkaudessa 2013, Kontiolahdella 2014, Kuhmossa 2015, Imatralla 2016, Juvalla 2017, Joensuussa 2018 ja Parikkalassa 2019.
Koronavuodet laittoivat tapahtuman tauolle vuonna 2020, mutta syksyllä 2021 pidimme pienemmän tapahtuman Kuhmossa, ja syksyllä 2022 vietimme Keski-Karjalan Kristus-päivää Kiteellä teemalla Oksina puun. Vuonna 2023 kokoonnuimme Lappeenrantaan viettämään taas hieman isompaa Kristus-päivää teemalla Ylistän Herraa.